無塵室與潔凈棚兩者都用來構成潔凈的工作環境，但仍有很多人會把潔凈棚與無塵室混淆，認為潔凈棚就是無塵室。事實上，兩者之間還是有很大的區別的。

1.無塵室一般要比潔凈棚（無塵棚）大。
潔凈棚是建在無塵車間里的，一般情況下，是一種采用工業鋁型材和有機玻璃阻隔起來的相對封閉的環境，潔凈棚上方采用 HEPA 及 FFU 送風單元組成。而潔凈室是一種經過特別設計的房間，能將房間中的微粒子、有害空氣、**等污染物排除，并將室內溫度、潔凈度、壓力、氣流速度與氣流分布、噪音振動及照明、靜電控制在某一需求范圍內。

2.它們所用的材料不同。
潔凈棚一般采用工業鋁型材作為框架，四周和頂部都安裝有機玻璃，或者防靜電網格簾，以達到視覺通透性。送風部位均采用 FFU 潔凈送風單元。潔凈室就相當于把一個大房間進行“豪華裝修”，吊頂采用泡沫彩鋼板或者巖棉板，有獨立的空調送風系統，空氣經過初中高效共三級過濾，人員及物料配有風淋室及傳遞窗潔凈過濾。

3.兩者的建造成本相差很大。
潔凈棚通常都是建在潔凈室內，所以不需要考慮風淋室、傳遞窗以及空調送風系統等問題，這樣就大大節約了成本，總的來說潔凈棚的建造成本是無塵車間的40%-60%。

總的來說，潔凈棚施工快，施工過程不影響其他設備的運行，并且方便拆裝，可重復使用。但潔凈棚高度一般在 2 米左右，如果使用大量 FFU 會讓潔凈棚內部噪音大，并且空間相對密閉，沒有獨立的送風系統，人在里面工作久了會感覺到悶熱。無塵室施工慢，成本高，但是無塵室一般高度有2.6米，有獨立送風系統，人在里面工作會比較舒適。